Dua lembaga amal pendidikan di Masjid Kapal Munzalan, yaitu KB/ TK dan BTQ saat ini telah memiliki beberapa cabang; KB/TK sebanyak 5 cabang, sementara BTQ sudah berkembang menjadi 5 cabang. Jumlah seluruh santri yang belajar di Masjid Kapal Munzalan saat ini tak kurang dari 700 orang.
Untuk dalam bidang sosial, Masjid Kapal Munzalan merintis Gerakan Infaq Beras (GIB). Gerakan ini telah berdiri di 70 kabupaten/ Kota di Indonesia dan tersebar di 22 Provinsi dengan jumlah Pasukan Amal Sholeh (PASKAS/ relawan) tak kurang dari 2500 orang.
Pada tahun 2019, rata-rata, GIB telah mendistribusikan beras sebesar 350.000 kilogram tiap bulan, atau 4,2 juta kilogram beras dalam setahun atau senilai Rp63 milyar per tahun.
Beras itu didistribusikan kepada kepada anak yatim, santri pengahafal Alquran, fisabilillah. Pada tahun 2019 Beras tersebut dapat dinikmati sepanjang hari oleh tak kurang dari 140.000 anak yatim/ santri/ fisabilillah/ mustahik yang berasal dari sekitar 1800 panti asuhan/ pesantren di seluruh Indonesia.
Sementara pada tahun 2020, beras yang didistribusikan per bulan rata-rata telah mencapai 450.000 kg, dengan jumlah penerima manfaat sekitar 250.000 anak yatim/ santri/ fisabilillah/ mustahik.
Selain itu Masjid Kapal Munzalan juga mengembangkan Baitulmaal yang telah memiliki 9 cabang di seluruh Indonesia dengan omset penerimaan ziswaf rata-rata per bulan mencapai Rp6 milyar(2019).
Masjid Kapal Munzalan juga memiliki Rumah Sehat yang dikelola oleh 2 orang dokter dan 40-an orang perawat, dimana sebagian besar diantaranya berpendidikan sarjana muda (D3). Di rumah sehat yang bernama Rumah Sehat Munzalan ini dikembangkan metode kesehatan thibun nabawi, pengobatan medis, herbal, hijamah, dan rukyah syariah.
