Pertemuan yang dikenal dengan nama Konferensi Inter-Indonesia ini berlangsung sebagai respons atas Perundingan Roem-Royen. Pimpinan delegasi BFO, Ide Anak Anak Agung Gde Agung menyatakan bahwa adanya kesempatan untuk mengadakan suatu dialog Inter-Indonesia (Indonesisch gesprek), yakni pembicaraan sesama orang Indonesia––antara kelompok BFO dan pemimpin RI.
Usulan untuk diadakannya dialog Inter-Indonesia tersebut ternyata menimbulkan pro dan kontra. Pihak yang yang menentang usulan tersebut datang dari Sumatra Timur, Sumatra Selatan, Jawa Timur, Kalimantan Barat, Bangka, Riau, Belitung, dan Dayak Besar. Sedangkan negara-negara bagian yang menerima usulan tersebut adalah Negara Indonesia Timur, Pasundan, Madura, Banjar, Kalimantan Timur, dan Kalimantan Selatan. Pihak-pihak yang kontra dengan usulan tersebut akhirnya dapat diyakinkan oleh Ide Anak Agung Gde Agung bahwa dialog tersebut merupakan langkah yang tepat untuk Indonesia secara keseluruhan.
Sebenarnya pada Maret 1949 ketika UNCI mempersiapkan pertemuan Roem-Royen, BFO sudah merencanakan untuk melaksanakan Konferensi Inter-Indonesia. Konferensi Inter-Indonesia dilaksanakan selama dua tahap, konferensi I dilaksanakan pada 20–23 Juli 1949 di Yogyakarta dan konferensi II dilaksanakan di Jakarta pada 31 Juli–2 Agustus 1949. Konferensi I yang dilaksanakan di Yogyakarta dipimpin oleh Moh. Hatta dengan dihadiri oleh wakil-wakil 15 negara bagian (BFO) dan wakil RI. Konferensi yang dilaksanakan selama tiga hari tersebut membahas agenda mengenai masalah susunan tata negara Indonesia yang akan datang dan diperoleh hasil yang terdiri dari 18 butir keputusan.
