Saat ini Masjid Kapal Munzalan mengelola aset waqaf dengan nilai tak kurang dari Rp 50 milyar, aset itu sebagian besar berasal dari masyarakat, dan sebagian kecil dibeli dari wasilah tijarah (usaha/ bisnis).
Saat ini para penggiat amal sholeh Masjid Kapal Munzalan didukung oleh 14 kendaraan roda 4 berbagai jenis, mulai dari pickup, avanza, suzuki R 3, triton, CRV, Alphard, hingga Velvire. Masjid Kapal Munzalan juga mengelola tak kurang dari 20-an kendaraan roda 2.
Seluruh lembaga amal sholeh di Masjid Kapal Munzalan dioperasikan oleh santri. Jumlahnya tak kurang dari 300 orang. Seluruh pengelola bekerja sepanjang hari. Di Masjid Kapal Munzalan para pengelola lembaga amal sholeh itu disebut dengan SPA.
Seluruh SPA diwajibkan untuk mengikuti aktivitas pendidikan yang diselenggarakan setiap hari di masjid, melaksanakan shalat berjamaah di Masjid, dan membaca Alquran sebanyak 4 halaman setiap melaksanakan shalat.
Masjid Kapal Munzalan juga memiliki sekitar 5 Rumah Dinas Pemegang amanah yang ditempati oleh para pengurus yang memiliki rumah yang jauh dari masjid Kapal Munzalan.
Saat ini Masjid Kapal Munzalan sedang menyelesaikan Munzalan Tower, sebuah bangunan setinggi 6 lantai yang berfungsi sebagai lembaga pendidikan berbasis masjid, serta wisma untuk ulama.
