Dampak Lingkungan: Program transmigrasi ini dikritik karena telah mempercepat penebangan hutan hujan sensitif seiring dengan bertambah banyaknya jumlah penduduk di daerah tujuan transmigrasi. Biasanya daerah tujuan ini adalah desa yang masih baru serta belum banyak terdapat kegiatan manusia. Ketika menempati daerah tersebut maka sumber daya alam yang ada akan habis dan lahan digarap secara berlebihan sehingga terjadi deforestasi.
Dampak Sosial Politik: Pernah terjadi perseturuan akibat program transmigrasi ini. Pada tahun 1999, suku Dayak dan Melayu berseteru dengan transmigran dari Madura dalam kerusuhan Sambas. Tahun 2001, suku Dayak dan Madura kembali berseteru dalam konflik Sampit. Konflik Sampit ini membuat ribuan orang meninggal dunia dan para transmigran Madura mengungsi.
Dewasa ini program transmigrasi berhasil menyebarkan berbagai penduduk asal Jawa ke wilayah-wilayah di Indonesia, bahkan di antaranya banyak yang menikah dengan penduduk lokal sehingga menghasilkan keturunan perpaduan antara penduduk lokal dan Jawa.
Di Pontianak sendiri terdapat keturunan Japon yang bermakna Jawa-Pontianak. Penulis sendiri masih memiliki darah Jawa yaitu Malang yang didapat dari Alm. Ayah, sedangkan ibu merupakan keturunan asli Melayu.
Diantara penduduk yang memiliki keturunan Jawa tersebut banyak yang tidak bisa berbahasa Jawa, sebagian mereka tinggal di daerah Sumatera, Kalimantan, Sulawesi. Kecuali beberapa daerah tertentu seperti Lampung, Balikpapan dan sebagainya.
