Masalah bermula sejak Berita Acara Verifikasi Penamaan Pulau tahun 2008 di Kalimantan Barat yang secara eksplisit menyebut kedua pulau tersebut masih butuh klarifikasi di tingkat pusat. Namun pada tahun 2014, muncul Berita Acara Batas Daerah yang menyebut Pulau Pengeke Besar dan Kecil masuk dalam cakupan wilayah Kabupaten Bintan, Provinsi Kepri. Masalahnya, kesepakatan ini didasarkan pada dokumen Kalbar sendiri—yang ironisnya menyatakan bahwa status dua pulau tersebut belum final.
Tinjauan hukum dari ahli hukum administrasi negara Turiman, SH, M.Hum, menyatakan bahwa terdapat cacat formil dalam penetapan tersebut. Tidak ada peta batas resmi dengan koordinat geodetik, sebagaimana disyaratkan dalam Permendagri No. 141 Tahun 2017 tentang Penegasan Batas Daerah. Artinya, penetapan wilayah tersebut tidak memenuhi prinsip “clear and clean”.
Masalah semakin rumit dengan keluarnya Keputusan Mendagri No. 050-145 Tahun 2022, yang menetapkan kedua pulau sebagai bagian dari Kepri. Padahal, sebelumnya tidak ada verifikasi resmi dari pihak Kepri tahun 2007/2008 sebagaimana yang diklaim. Bahkan dalam dokumen Kalbar sendiri, verifikasi menyarankan agar penyelesaian dibawa ke pusat melalui Kementerian Dalam Negeri dan Tim Penegasan Batas Daerah Nasional (TPBD).
