Dari visi jauh ke depan nan sangat ideal tersebut, BWI memiliki misi: Menjadikan BWI sebagai lembaga profesional yang mampu mewujudkan potensi dan manfaat ekonomi dari harta benda wakaf demi kepentingan ibadah dan pemberdayaan masyarakat. Di sini disebut ibadah, baik dalam arti khusus, maupun umum. Ibadah sendiri mengandung arti pengabdian. Pengabdian itu orientasinya tiada lain hanya untuk mencari keridhoan Allah, Tuhan Yang Maha Kuasa.
Visi dan misi BWI tersebut di atas itu di “breakdown” lagi ke dalam bentuk tugas dan fungsi sehingga menjadi lebih jelas sasaran yang hendak dituju secara efektif dan efisien–secara sangkil dan mangkus. Pertama, bahwa BWI membina nazir. Kedua, bahwa BWI memberhentikan dan mengganti nazir. Ketiga, BWI memberikan persetujuan untuk izin atas perubahan peruntukan dan status harta benda wakaf. Keempat, BWI memberikan persetujuan atas penukaran harta benda wakaf. Kelima, BWI melakukan pengelolaan dan pengembangan harta benda wakaf bersakala nasional dan internasional. Keenam, BWI memberikan saran dan pertimbangan kepada pemerintah dalam penyusunan kebijakan di bidang perwakafan.
