Pada konferensi tersebut diadakan pembicaraan tentang cara-cara mempercepat “penyerahan” kedaulatan yang sungguh-sungguh dan lengkap kepada Negara Indonesia Serikat. Sebagai tindak lanjut atas pernyataan Roem-Royen, pada 22 Juni 1949 diadakan perundingan formal antara RI, BFO, dan Belanda di bawah pengawasan Komisi PBB. Pertemuan tersebut dipimpin oleh Critchley (Australia) yang menghasilkan, dengan diplomasi yang ulung negarawan diplomat Sultan Hamid II, tiga hal yang mendasar, yakni: 1. Pengembalian pemerintah RI ke Yogyakarta dilaksanakan pada 24 Juni 1949. Karesidenan Yogyakarta dikosongkan oleh tentara Belanda dan pada 1 Juni 1949 pemerintah RI kembali ke Yogyakarta setelah TNI menguasai keadaan sepenuhnya di daerah itu. 2. Mengenai penghentian permusuhan akan dibahas setelah kembalinya RI ke Yogyakarta. 3. Konferensi Meja Bundar diusulkan akan diadakan di Den Haag.
Di sisi lain, pernyataan atas hasil Perundingan Roem-Royen ini mendapat kecaman dari Pemerintahan Darurat Republik Indonesia (PDRI). PDRI yang diberi mandat saat itu untuk memimpin pemerintahan, tidak diajak untuk berunding terlebih dahulu. Untuk melunakkan sikap PDRI, Moh. Hatta pada awal Juli 1949 mengirim utusan (dr. Leimena) ke Sumatra Barat yang akhirnya berhasil mengajak Syafruddin Prawirangera dkk untuk kembali ke Yogyakarta.
