Sebenarnya pada Maret 1949 ketika UNCI mempersiapkan pertemuan Roem-Royen, BFO sudah merencanakan untuk melaksanakan Konferensi Inter-Indonesia. Konferensi Inter-Indonesia dilaksanakan selama dua tahap, konferensi I dilaksanakan pada 20–23 Juli 1949 di Yogyakarta dan konferensi II dilaksanakan di Jakarta pada 31 Juli–2 Agustus 1949. Konferensi I yang dilaksanakan di Yogyakarta dipimpin oleh Moh. Hatta dengan dihadiri oleh wakil-wakil 15 negara bagian (BFO) dan wakil RI. Konferensi yang dilaksanakan selama tiga hari tersebut membahas agenda mengenai masalah susunan tata negara Indonesia yang akan datang dan diperoleh hasil yang terdiri dari 18 butir keputusan.
Keputusan terpenting dalam perundingan tersebut, yaitu: 1.Dalam negara Republik Indonesia Serikat (RIS) tidak akan dibangun Angkatan Bersenjata yang baru sebab sudah ada TNI yang menjadi inti dari militer Indonesia. 2.Republik Indonesia dapat menyetujui bahwa ke-15 negara bagian yang telah dibentuk oleh Belanda sebelumnya akan menjadi anggota mayoritas dalam parlemen dengan jumlah sekitar dua pertiga dari jumlah totalnya. 3.Akan ada suatu Senat yang terdiri atas dua orang perwakilan dari setiap kesatuan federal sehingga akan ada 30 orang anggota dari negara-negara bagian yang duduk dalam Senat RIS dan dua orang wakil Republik Indonesia, serta dua orang lagi dari negara kesatuan Indonesia yang nanti akan terbentuk.
