Era kekuasaan Sultan Syarif Muhammad redup seketika seiring kedatangan Jepang ke Pontianak pada 1942. Hadirnya bala tentara fasis Jepang, yang menjadi rekan dari fasis Jerman dalam hasratnya menguasai Asia dan Eropa, menjadi petaka bagi Kesultanan Pontianak yang dekat dengan Belanda dan Inggris (lihat: Membaca Ulang Pahlawan Kita). Pada 24 Januari 1944, karena dianggap memberontak dan bersekutu dengan Belanda, Jepang menghancurkan Kesultanan Pontianak, dan Kesultanan lainnya.
Tak hanya melakukan penangkapan-penangkapan, Jepang juga melakukan penyiksaan dan pembunuhan massal terhadap ribuan orang Pontianak. Pada 28 Juni 1944, Jepang menghabisi Sultan Syarif Muhammad beserta keluarga dan kerabat kesultanan, pemuka adat, cerdik pandai (ilmuwan), dan tokoh masyarakat Pontianak, pun para sultan lain dan masyarakat lain di Kalimantan Barat. Tragedi berdarah ini kemudian dikenal dengan sebutan ‘Peristiwa Mandor’.
Jenazah Sultan Syarif Muhammad baru ditemukan pada 1946 oleh putranya yang bernama Syarif Hamid Alkadrie. Syarif Hamid bisa selamat dari genosida itu karena tidak sedang berada di Pontianak. Saat itu dia menjadi tawanan perang Jepang di Batavia sejak 1942 dan bebas pada 1945. Kelak, Syarif Hamid merupakan Sultan terakhir dari dinasti Kesultanan Pontianak, yang berjaya memiliki kedaulatan.
