Di masa inilah kekuatan iman dan ketabahan seluruh keluarga besar Kesultanan Pontianak diuji, hal ini terkait dengan masuknya penjajahan balatentara jepang di Borneo Barat termasuk Pontianak. Sultan Pontianak kala itu Maulana Seri Sultan Syarif Muhammad Alkadrie, beserta saudara dan saudarinya, sanak kerabat bahkan lebih dari separuh penduduk Pontianak dan Borneo Barat waktu itu, menjadi korban pembantaian dan syahid oleh balatentara jepang yang dibantu oleh kroni-kroninya pribumi yang berkhianat kepada bangsanya sendiri. 28 Juni 1944 saat itu terjadi tragedi kemanusiaan, genosida atau pembunuhan massal terjadi dibumi Kalimantan Barat yang sampai hari ini menjadi luka terdalam bagi seluruh anak negeri Kesultanan Pontianak dimasa itu. Dalam suasana duka mencekam tersebut, semua orang mengira telah tiada lagi putra terbaik sebagai penerus tahta Kesultanan Pontianak dan Borneo Barat, karena Sultan Syarif Muhammad beserta seluruh anak lelaki nya, mereka disangka telah Syahid semua dalam pembantaian itu.
Akan tetapi jatuhnya kekuasaan Jepang diseluruh negeri-negeri oleh sekutu dan juga akibat jatuh nya bom atom di Nagasaki dan Hirosima, baru diketahui ternyata masih ada seorang putra Sultan yaitu Syarif Abdul Hamid Alkadrie masih hidup dan yang kemudian berhasil dilepaskan dari penjara tentara jepang di Batavia.
