Rabu, 25 Februari 1953 (kurang lebih tiga tahun kemudian), kasus Sultan Hamid II mulai diperiksa oleh Mahkamah Agung Indonesia. Jaksa Agung Republik Indonesia R. Soeprapto (yang menggantikan Jaksa Agung RIS Tirtawinata) mendakwa Sultan Hamid II dengan empat tuduhan yaitu: Primair; ikut menyerbu kota Bandung bersama Westerling dan APRA/de RAPI, Subsidair; membujuk dan membantu Westerling dan Frans Najoan untuk menyerbu sidang Dewan Menteri RIS, Subsidair Lagi; memberikan denah tempat persidangan Dewan Menteri sehingga Westerling dan Frans Najoan akan mudah melakukan penyerangan, dan Lebih Subsidair Lagi; membujuk Westerling dan Frans Najoan untuk membunuh tiga pejabat tinggi. Dasar hukum atas dakwaan yang diajukan tersebut diatur dalam Pasal; 108 ayat (1) No.2, 108 ayat (2), 110 (2) No. 1, 110 ayat (2) No. 2, 163 bis. Ayat (1) jo. Pasal 338, 340, 333 jo. Pasal 53 dan 55 KUHP (Kitab Undang-undang Hukum Pidana) jo. Staatsblad 1945 No.135.
Sistem pengadilan yang digunakan untuk Sultan Hamid II adalah untuk tingkat pertama dan terakhir. Artinya, persidangan kasus Sultan Hamid II tersebut merupakan Forum Previlegiatum (hak khusus yang dimiliki oleh pejabat-pejabat tinggi untuk diadili oleh suatu pengadilan yang khusus/tinggi dan bukan oleh pengadilan negeri) yang pelaksanaannya pernah diberlakukan pada Konstitusi Republik Indonesia Serikat (RIS) 1949 dan Undang-Undang Dasar Sementara 1950. Selanjutnya, pada 25 Maret 1953, Jaksa Agung Soeprapto menuntut hukuman 18 tahun penjara bagi Sultan Hamid II, dan pada 8 April 1953, karena tidak adanya bukti yang kuat, dakwaan primair daripada dakwaan tersebut diatas tidak dapat dibuktikan (tidak terbukti).
