Sementara itu, Mahkamah Agung Indonesia dengan ketua MR. Wirjono Prodjodikoro menjatuhkan hukuman penjara sepuluh tahun dipotong masa tahanan (tiga tahun). Dasar pertimbangannya adalah adanya niat Sultan Hamid II menyuruh Westerling dan Frans Najoan untuk menyerbu Dewan Menteri RIS dan menembak mati (membunuh) tiga pejabat pemerintah (Menteri Pertahanan: Sultan Hamengku Buwono IX, Sekretaris Jenderal Kementrian Pertahanan: Mr. Alibudiardjo, dan Kepala Staf Tentara Nasional Indonesia: Kolonel Simatupang) pada saat itu, yang niat tersebut dibatalkan olehnya. Kasus Sultan Hamid II ini merupakan kasus pertama kali yang diperiksa oleh Mahkamah Agung dalam tingkat pertama maupun tingkat terakhir di dalam sejarahnya, yaitu kasus pertama dan terakhir.
Landasan Mahkamah Agung untuk memutus kasus Sultan Hamid II pada 1953 adalah Kitab Undang-undang Hukum Pidana (KUHP) Indonesia. Pada dasarnya, delik yang dituduhkan kepada Sultan Hamid II merupakan Delik Terhadap Keamanan Negara (Delik Makar) yang termaktub di dalam Bab I Buku Kedua dari KUHP tersebut. Terhadap akumulasi dari pasal-pasal yang didakwakannya (Pasal; 108 ayat (1) No.2, 108 ayat (2), 110 ayat (2) No. 1, 110 ayat (2) No. 2, 163 bis. Ayat (1) jo. pasal 338, 340, 333 jo. pasal 53 dan 55 KUHP (Kitab Undang-undang Hukum Pidana) jo. staatsblad 1945 No.135), menurut penulis, tidak ada satu pasal pun yang memenuhi unsur delik yang telah diuraikan berdasarkan dakwaan dan putusan.
