Sistem pengadilan yang digunakan untuk Sultan Hamid II adalah untuk tingkat pertama dan terakhir. Artinya, persidangan kasus Sultan Hamid II tersebut merupakan Forum Previlegiatum (hak khusus yang dimiliki oleh pejabat-pejabat tinggi untuk diadili oleh suatu pengadilan yang khusus/tinggi dan bukan oleh pengadilan negeri) yang pelaksanaannya pernah diberlakukan pada Konstitusi Republik Indonesia Serikat (RIS) 1949 dan Undang-Undang Dasar Sementara 1950. Selanjutnya, pada 25 Maret 1953, Jaksa Agung Soeprapto menuntut hukuman 18 tahun penjara bagi Sultan Hamid II, dan pada 8 April 1953, karena tidak adanya bukti yang kuat, dakwaan primair daripada dakwaan tersebut diatas tidak dapat dibuktikan (tidak terbukti).
Sementara itu, Mahkamah Agung Indonesia dengan ketua MR. Wirjono Prodjodikoro menjatuhkan hukuman penjara sepuluh tahun dipotong masa tahanan (tiga tahun). Dasar pertimbangannya adalah adanya niat Sultan Hamid II menyuruh Westerling dan Frans Najoan untuk menyerbu Dewan Menteri RIS dan menembak mati (membunuh) tiga pejabat pemerintah (Menteri Pertahanan: Sultan Hamengku Buwono IX, Sekretaris Jenderal Kementrian Pertahanan: Mr. Alibudiardjo, dan Kepala Staf Tentara Nasional Indonesia: Kolonel Simatupang) pada saat itu, yang niat tersebut dibatalkan olehnya. Kasus Sultan Hamid II ini merupakan kasus pertama kali yang diperiksa oleh Mahkamah Agung dalam tingkat pertama maupun tingkat terakhir di dalam sejarahnya, yaitu kasus pertama dan terakhir.
