Selama empat tahun Hamid ditahan tanpa proses pengadilan. Dia baru dibebaskan pada 1966 setelah era Soekarno berakhir. Tuduhan makar terhadap Hamid, menurut Ide Anak Agung Gde Agung, kemungkinan besar disebabkan pergunjingan orang-orang di sekitar Soekarno, dan bukan berangkat dari fakta. Bahkan Anak Agung menegaskan bahwa semua tuduhan itu omong kosong. Sebab, sejak keluar dari tahanan pada 1958, Hamid tak terlibat dalam kegiatan politik sama sekali.
Selepas dari penjara tanpa proses peradilan tersebut, Hamid beraktivitas di dunia bisnis sampai akhir hayatnya. Sejak 1967 hingga 1978, dia menjadi Presiden Komisaris di PT. Indonesia Air Transport. Pada 30 Maret 1978, pukul 18.15 WIB, Sultan Hamid II pun wafat di Jakarta. Sultan Pontianak terakhir itu meninggal dunia ketika sedang melakukan shalat maghrib. Sultan Hamid II dimakamkan di Pemakaman Keluarga Kesultanan Qadriyah Pontianak, di Batu Layang, dengan Upacara Kebesaran Kesultanan Qadriyah Pontianak.
Peristiwa Sultan Hamid II
“Dalam memperjuangkan kemerdekaan bagi nusa dan bangsa, timbullah keyakinan saya, bahwa bentuk federalisme itulah yang paling baik bagi negara kita”. (Sultan Hamid II)
