Namun, pemikiran politik Hamid ini tak lantas begitu saja dipahami oleh pihak lain yang berkepentingan terhadap makna kemerdekaan. Alih-alih dianggap menginginkan kerjasama dengan kaum serumpun, ia dianggap sebagai pengkhianat dengan segala sikap dan pemikiran yang lebih elastis (tidak kaku) terhadap bangsa asing. Sikap yang kontroversial dengan pemahaman politik yang diusungnya sangat bertentangan dengan kaum republiken (unitaris). Terdapat kontradiksi pemikiran, yang kemudian menuai konflik kepentingan, yang menjebaknya pada suatu propaganda politik. Kebijakan politik diambil dan keputusan hukum ditetapkan. Pada 1953, Hamid divonis sepuluh tahun penjara.
Tuduhan makar yang dituduhkan kepada Sultan Hamid II lebih dikenal dengan Peristiwa Sultan Hamid II. Penangkapan terhadap Menteri Negara Zonder Portofolio RIS itu dilakukan pada 5 April 1950 oleh Menteri Pertahanan RIS Sultan Hamengku Buwono IX atas perintah Jaksa Agung RIS Tirtawinata yang menjabat pada saat itu. Tuduhan yang dituduhkan kepada Hamid adalah keterlibatannya atau keterkaitannya dengan pemberontakan Angkatan Perang Ratu Adil (APRA) atau Ratu Adil Persatuan Indonesia (de RAPI) oleh Kapten Westerling sebagai pemimpinnya di Bandung pada 23 Januari 1950, serta niatan Sultan Hamid II untuk menyerbu sidang Dewan Menteri RIS dan niat untuk membunuh tiga orang menteri RIS.
